Ο Πανθρακικός αποτελεί ένα από τα μεγαλύτερα brand name του αθλητισμού της Θράκης. Ιδρύθηκε το 1964, κατόπιν συγχώνευσης της ΑΕ Κομοτηνής με τον Ορφέα Κομοτηνής, ενώ το 1969 αγωνίστηκε για πρώτη φορά στη Β΄ Εθνική.
Η δημιουργία της νέας ομάδας προέκυψε μετά από πρόταση του Διοικητικού Συμβουλίου της ΑΕ Κομοτηνής, την οποία αποδέχτηκε ο Ορφέας Κομοτηνής μέσα από διπλή Γενική Συνέλευση και διαπραγματεύσεις. Η τελική απόφαση εγκρίθηκε με 34 ψήφους υπέρ και 21 κατά, και στόχος ήταν η δημιουργία μιας ισχυρής ομάδας που θα εκπροσωπεί επάξια τη Ροδόπη στο πανελλήνιο ποδοσφαιρικό στερέωμα. Κατά την πρώτη αγωνιστική περίοδο, η βασική ενδεκάδα αποτελούνταν από πέντε ποδοσφαιριστές του Ορφέα, πέντε της ΑΕ Κομοτηνής και έναν επιλεγμένο με κλήρωση.
Το 1969, η ομάδα πέτυχε την πρώτη μεγάλη της διάκριση, καθώς προβιβάστηκε στη Β΄ Εθνική, η οποία τότε χωριζόταν σε τρεις ομίλους. Εκεί παρέμεινε μέχρι τη σεζόν 1977-78, καταγράφοντας αξιόλογες εμφανίσεις και σημαντικές νίκες. Μετά από ένα σύντομο διάστημα απουσίας, ο Πανθρακικός επέστρεψε ξανά στη Β΄ Εθνική τη διετία 1979-1983, ωστόσο η αγωνιστική πορεία της ομάδας οδηγήθηκε σε σταδιακή κάμψη και τελικά σε υποβιβασμό.
Ένα αξιοσημείωτο γεγονός στην ιστορία του συλλόγου σημειώθηκε το 1980, όταν ο Πανθρακικός προχώρησε σε αδερφοποίηση με την Εθνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία Λευκωσίας, γεγονός που αποδεικνύει την αναγνώριση και την ακτινοβολία του συλλόγου και εκτός Θράκης.
Στα μέσα της δεκαετίας του ’90, και συγκεκριμένα την περίοδο 1996-1998, η ομάδα αγωνίστηκε στη Δ΄ Εθνική με την ονομασία Πανθρακικός Ξυλαγανής, λόγω νέας συγχώνευσης. Ωστόσο, μετά τη λύση της συγχώνευσης αυτής, ο Πανθρακικός συνέχισε αυτόνομα, ουσιαστικά ξεκινώντας ξανά από το μηδέν, επιδεικνύοντας για μία ακόμη φορά το σθένος και τη δυναμική της ιστορικής αυτής ομάδας.
Μετά από πολλά χρόνια περιήγησης στα γήπεδα του περιφερειακού αλλά και του τοπικού πρωταθλήματος, η δικαίωση ήρθε το 2005, όταν η ομάδα κατέκτησε την 1η θέση στο περιφερειακό πρωτάθλημα, εξασφαλίζοντας την άνοδο στη Γ΄ Εθνική.
Η συνέχεια είναι γνωστή: άνοδος αρχικά στη Β΄ Εθνική, και το 2008 τα όνειρα όλων των Κομοτηναίων έγιναν πραγματικότητα, καθώς ο Πανθρακικός προβιβάστηκε στη Superleague. Εκεί αγωνίστηκε για δύο περιόδους, τερματίζοντας την 1η χρονιά στην 11η θέση και τη 2η στην 16η με αποτέλεσμα να επιστρέψει στη Football League. Εκεί όμως κατάφερε μετά από 2 χρόνια να επιστρέψει στα σαλόνια της Super League κατακτώντας το πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής τη σεζόν 2011-12.
Για τέσσερα χρόνια, η Κομοτηνή ακουγόταν σε όλο το πανελλήνιο χάρη στον Πανθρακικό και το ΔΑΚ Κομοτηνής έγινε σημείο αναφοράς για όλη τη Ροδόπη. Ο Πανθρακικός σημείωσε ιστορικές νίκες απέναντι σε μεγαθήρια, δείχνοντας πως η Κομοτηνή όταν ενώσει τις δυνάμεις της μπορεί να πετύχει πολλά. Το 2016 επήλθε η επιστροφή στη Football League και στις αρχές του 2017, η ομάδα δήλωσε αδυναμία συνέχισης στο πρωτάθλημα.
Από το 2018, ξεκίνησε μία νέα προσπάθεια με στόχο να ανάψει ξανά η φλόγα, η οποία απέδωσε καρπούς το 2022 με την άνοδο του Πανθρακικού στη Γ΄ Εθνική. Τα τελευταία 3 χρόνια η ομάδα της Κομοτηνής πρωταγωνιστεί στα γήπεδα της κατηγορίας και έχει βάλει πλώρη για ακόμα πιο μεγάλα ταξίδια…
