Το Αθλητικό Κέντρο Πανθρακικού αποτελεί κόσμημα για τον σύλλογο και σημείο αναφοράς για την ανάπτυξη του ποδοσφαίρου στην περιοχή. Η κατασκευή του ξεκίνησε το 2009 σε έκταση 53 στρεμμάτων, στον οικισμό Κικίδιο, περίπου 4 χλμ. ανατολικά της Κομοτηνής. Η έκταση παραχωρήθηκε στον Ερασιτέχνη από τον Δήμο Κομοτηνής, και το έργο ολοκληρώθηκε από την ΠΑΕ Πανθρακικός.
Το κέντρο παραδόθηκε προς χρήση τον Ιανουάριο του 2011 στην επαγγελματική ομάδα και περιλαμβάνει:
- 3 γήπεδα πλήρους μεγέθους
- Χώρο εκγύμνασης τερματοφυλάκων
- Κεντρικό κτίριο 360 τ.μ., με:
- Αποδυτήρια παικτών
- Σταθμό πρώτων βοηθειών
- Κέντρο φυσιοθεραπείας
- Γυμναστήριο
- Αίθουσα τύπου & συνεδριάσεων
Το 2011 προστέθηκε και δεύτερο κτίριο 200 τ.μ., το οποίο εξυπηρετεί την ομάδα νέων και τις μικρές ηλικιακές ομάδες της ακαδημίας. Οι ακαδημίες διαθέτουν επιπλέον δύο γήπεδα μισού μεγέθους για τις προπονήσεις τους.
Το Αθλητικό Κέντρο Πανθρακικού αποδεικνύει τη δέσμευση του συλλόγου στην ανάπτυξη νέων ταλέντων, την οργάνωση και την ποιοτική προπόνηση.